朝日新聞出版発行の 「2014年度大学ランキング」（2013年4月発行）で、トムソン・ロイター社による2007-2011年における論文引用度に関するランクが発表され ま した。 研究者人口や注目度の高さや時流などを無視して安易に分野を越えての比較を行うことはできませんが、「総合」で生理学研究所は第3位に、また、「神経科学 分野」でも生理学研究所が第３位にランクされました。
論文引用度指数（国内2007-2011） 総合
| 大学・機関 | 論文数 | 引用度指数 | |
| １ | 首都大学東京 | 2,754 | 140.9 |
| ２ | 分子科学研究所 | 1,178 | 136.4 |
| ３ | 生理学研究所 | 604 | 133.6 |
| ４ | 国立遺伝学研究所 | 611 | 133.0 |
| ５ | 京都薬科大学 | 691 | 123.9 |
| ６ | 立教大学 | 682 | 123.6 |
| ７ | 東京大学 | 35,710 | 123.2 |
| ８ | 京都大学 | 26,405 | 121.5 |
| ８ | 東京工業大学 | 11,442 | 121.5 |
| １０ | 総合研究大学院大学 | 2,003 | 120.0 |
| １１ | 東京医科歯科大学 | 4,081 | 119.8 |
| １２ | 奈良先端科学技術大学院大学 | 1,691 | 119.7 |
| １３ | 滋賀医科大学 | 1,308 | 119.5 |
| １４ | 大阪大学 | 21,027 | 119.4 |
| １５ | 藤田保健衛生大学 | 1,439 | 119.2 |
分野別（国内2007-2011) 神経科学
| 大学・機関 | 論文数 | 引用度指数 | |
| 1 | 自治医科大学 | 85 | 148.2 |
| 2 | 群馬大学 | 278 | 139.8 |
| 3 | 生理学研究所 | 350 | 139.5 |
| 4 | 総合研究大学院大学 | 228 | 131.4 |
| 5 | 東京大学 | 1,053 | 130.0 |
| 6 | 京都大学 | 878 | 129.0 |
| 7 | 藤田保健衛生大学 | 199 | 128.8 |
| 8 | 名古屋大学 | 563 | 126.4 |
| 9 | 大阪市立大学 | 122 | 125.3 |
| 10 | 大阪大学 | 602 | 124.6 |
| 10 | 北海道大学 | 493 | 124.6 |
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