朝日新聞出版発行の 「2013年度大学ランキング」（2012年4月発行）で、トムソン・ロイター社による2006-2010年における論文引用度に関するランクが発表されま した。 研究者人口や注目度の高さや時流などを無視して安易に分野を越えての比較を行うことはできませんが、「総合」で生理学研究所は第４位に、また、「神経科学 分野」では生理学研究所が第３位にランクされました。
論文引用度指数（国内2006-2010） 総合
| 大学・機関 | 論文数 | 引用度指数 | |
| １ | 国立遺伝学研究所 | 620 | 144.2 |
| ２ | 基礎生物学研究所 | 524 | 135.8 |
| ３ | 高エネルギー加速器研究機構 | 2,514 | 133.2 |
| ４ | 生理学研究所 | 618 | 131.9 |
| ５ | 分子科学研究所 | 1,202 | 131.6 |
| ６ | 首都大学東京 | 2,759 | 131.3 |
| ７ | 京都薬科大学 | 749 | 127.4 |
| ８ | 奈良先端科学技術大学院大学 | 1,741 | 124.3 |
| ９ | 神奈川大学 | 954 | 123.6 |
| １０ | 東京大学 | 35,075 | 122.7 |
| １１ | 総合研究大学院大学 | 1,987 | 122.1 |
| １２ | 京都大学 | 25,918 | 120.8 |
| １３ | 順天堂大学 | 2,705 | 120.7 |
| １４ | 立教大学 | 651 | 120.4 |
| １５ | 星薬科大学 | 715 | 118.7 |
分野別（国内2006-2010) 神経科学
| 大学・機関 | 論文数 | 引用度指数 | |
| 1 | 埼玉医科大学 | 98 | 143.1 |
| 2 | 群馬大学 | 259 | 135.4 |
| 3 | 生理学研究所 | 364 | 134.5 |
| 4 | 東京大学 | 1,075 | 130.8 |
| 5 | 兵庫医科大学 | 105 | 129.4 |
| 6 | 大阪大学 | 631 | 128.9 |
| 7 | 昭和大学 | 158 | 127.0 |
| 8 | 順天堂大学 | 204 | 126.6 |
| 9 | 九州大学 | 410 | 125.4 |
| 10 | 岡山大学 | 261 | 124.8 |
| 10 | 金沢大学 | 258 | 124.8 |
※このデータは朝日新聞社の承諾を得て転載しています。無断で転載、送信するなど、朝日新聞社など著作権者の権利を侵害する一切の行為を禁止します。